Página Pública de Eventos da (UFPB)

SIGEventos - Sistema Integrado de Gestão de Eventos

Sobre:
Tipo do Evento:	CURSO
Período do Evento:	08/06/2020 a 10/08/2020 (Evento encerrado)
Seja bem vindo! O curso "Visualização e análise de redes de interação proteína-proteína com o programa Cytoscape" é teórico/prático, assíncrono que, após apresentação do conteúdo em formato de arquivo, o participante poderá praticar livremente, inclusive fora do horário programado para o curso. Durante o curso o participante terá oportunidade de conhecer sobre as aplicações de redes de interação proteína-proteína (RIP) bem como alguns bancos de dados que disponibilizam publicamente dados de interações. Terá oportunidade de utilizar o programa Cytoscape para visualizar e analisar as RIPs visando calcular propriedades topológicas como o grau de interação, proteínas hubs, cluster e sub-redes. Após o treinamento com conjunto de dados didático, o participante poderá selecionar um organismo de seu interesse para gerar as RIPs e fazer as análises livremente. Requisitos: Para o curso o participante deverá possuir um PC com sistema operacional Linux ou Windows O presente curso têm por objetivo auxiliar os discentes no entendimento básicos sobre a geração e analise de redes de interação proteína-proteína (RIP), disponíveis em bases de dados pública, com uso do programa Cytocape: - Conhecer as aplicações para as RIPs; - Compreender o conteúdo de bancos dados públicos de interação proteína-proteína; - Conhecer, recuperar e preparar as interações da base de dados pública STRING; - Carregar, visualizar e analisar RIPs no programa Cytoscape; - Analisar as RIPs visando calcular propriedades topológicas como o grau de interação, proteínas hubs, clusters e sub-redes. Os módulos do curso serão disponibilizados semanalmente em uma plataforma on-line, devendo participante acessar e ler o conteúdo no horário que for mais conveniente, no entanto, devendo executar as atividades semanalmente.

O material será disponibilizado toda segunda-feira até 14:00 no entanto, o curso é assíncrono, o participante pode acessar o conteúdo a qualquer tempo após disponibilização.

08/06

Apresentação, Introdução, aplicação e bases de dados públicas

15/06

STRING: Bases de dados de interação

22/06

Baixar, formatar o arquivo e visualizar as interações no Cytoscape

29/06

Identificar proteínas hubs (essencialidade)

06/07

Visualizando interações de proteínas específicas

13/07

Prática: gerar a rede de interação de Mycobacterium pseudotuberculosis

20/07

Prática: identificar e validar proteínas hubs

27/07

Prática: apresentação e discussão dos resultados

03/08

Prática: gerar subrede para proteínas específicas

10/08

Prática: gerar e analisar rede de um organismo de interesse do participante

Curso regido pela portaria 13 e 14/2020 do Consepe emitida em 19 de maio de 2020.

Os arquivos referente ao conteúdo será disponibilizado ao participante de forma assíncrona em uma plataforma on-line que proponente e participantes tenham acesso, preferencialmente disponibilizada pela UFPB.

Devido às instabilidades frequentes dos sistemas SigEventos e Sigaa, para evitarmos surpresas durante o curso, utilizaremos a plataforma do Google Classs.

Os participantes inscritos receberão após o período de inscrição, e-mail com instruções para acessar o curso no Google Class.

Será também criado grupo de WhatsApp para a comunicação entre os participantes, a ser informado no ambiente do curso.

A interação entre participante e coordenador poderá ser feita via e-mail elf@cbiotec.ufpb.br

Havendo necessidade de comunicação síncrona será utilizado a plataforma Google Meet para videoconferência.

CALDERONE, A.; IANNUCCELLI, M.; PELUSO, D.; LICATA, L. Using the MINT Database to Search Protein Interactions. Current Protocols in Bioinformatics, 69, n. 1, p. e93, 2020.

DILUCCA, M.; CIMINI, G.; GIANSANTI, A. Topological transition in bacterial protein-protein interaction networks ruled by gene conservation, essentiality and function. arXiv preprint arXiv:1708.02299, 2017.

FOLADOR, E. L.; TIWARI, S.; BARBOSA, C. E. D. P.; JAMAL, S. B. et al. Protein-Protein Interactions: An Overview. 2019.

KERRIEN, S.; ARANDA, B.; BREUZA, L.; BRIDGE, A. et al. The IntAct molecular interaction database in 2012. Nucleic acids research, 40, n. D1, p. D841-D846, 2012.

SHANNON, P.; MARKIEL, A.; OZIER, O.; BALIGA, N. S. et al. Cytoscape: a software environment for integrated models of biomolecular interaction networks. Genome research, 13, n. 11, p. 2498-2504, 2003.

SZKLARCZYK, D.; GABLE, A. L.; LYON, D.; JUNGE, A. et al. STRING v11: protein–protein association networks with increased coverage, supporting functional discovery in genome-wide experimental datasets. Nucleic acids research, 47, n. D1, p. D607-D613, 2019.

XENARIOS, I.; RICE, D. W.; SALWINSKI, L.; BARON, M. K. et al. DIP: the database of interacting proteins. Nucleic acids research, 28, n. 1, p. 289-291, 2000.

Realização:

Inscrever-se

Coordenador: Edson Luiz Folador Departamento de Biotecnologia Centro de Biotecnologia (CBiotec) Universidade Federal da Paraíba (UFPB)

Departamento de Biotecnologia - Centro de Biotecnologia (CBiotec) - Universidade Federal da Paraíba (UFPB), João Pessoa, PB

07/06/2020 - Término das inscrições 08/06/2020 - Início do curso